Een microbioom is een verzameling van micro-organismen (bacteriën, schimmels, virussen, archaea, algen en protisten) die vrolijk samenleven in een specifieke habitat.
De meeste mensen denken direct aan de darmflora, dat ons helpt om voedsel te verteren en allerlei goede stofjes aanmaakt om ons lichaam draaiende te houden, zoals vitamine K. Maar dat is juist 1 voorbeeld van een microbioom, dat overigens een onderdeel is van het volledig menselijk microbioom. Meerdere specifieke microbiomen bestaan zoals een huid-, een mond-, een bodem-, een huis-, een plant-, een oceaan-microbioom enzovoort.